وفي أغسطس 2004 تم تعديل أولويات الخطة الإستراتيجية لتطوير التعليم العالي بما يلبي متطلبات الجودة والاعتماد ويتفق وتوجهات الدولة لتطوير البحث العلمي وتضمن هذا التعديل إضافة محورين آخرين: الأول تطوير الدراسات العليا والبحث العلمي، والثاني الاهتمام بالأنشطة الطلابية بالجامعات المصرية بجانب الاستمرار في تنفيذ البرامج الستة ذات الأولوية خلال المرحلة الأولى. ونظراً للطبيعة الديناميكية لإستراتيجية التطوير التي تتطلب إعادة النظر ومراجعة أولويات كل فترة، فقد تم استحداث وحدة للتخطيط الاستراتيجي تتبع وزارة التعليم العالي لضمان استمرارية التخطيط والمتابعة لمشروعات التطوير خلال المراحل الثلاثة المذكورة والمراحل المستقبلية، كما تم أيضاً استحداث مشروع للأنشطة الطلابية حيث أنها تدخل ضمن اعتماد البرامج مثل البحث العلمي والدراسات العليا